คนเฒ่าคนแก่ในหมู่บ้านเล่าสืบกันมาว่า ศาลพ่อคุณโขนน่าจะมีมาตั้งแต่สมัยต้นรัตนโกสินทร์ ในรัชสมัยของพระบาทสมเด็จพระพุทธเลิศล้านภาลัย รัชกาลที่ 2  ในคราวนั้นมีคณะโขนหลวงได้เดินทางมาทางเรือโดยใช้คลองสุนัขหอนเพื่อไปยังอัมพวา สมุทรสงคราม ขณะที่ขบวนเรือผ่านตำบลบ้านบ่อ เรือเกิดอับปางมีคนเสียชีวิตมากมายตรงบริเวณนั้นเอง แต่น่าแปลกที่ศพนักแสดงโขนสองพี่น้องกลับลอยขึ้นมาเหนือน้ำ โดยศพผู้พี่กอดหัวโขนที่ใช้แสดงเป็นทศกัณฑ์ขึ้นมาด้วย ชาวบ้านจึงจัดสร้างศาลขึ้น ณ บริเวณที่พบศพท่านซึ่งเรียกว่าเป็นละแวก “บ้านบน” เรียกกันว่า “ศาลพ่อคุณโขน” ส่วนบริเวณที่พบศพผู้เป็นน้อง อยู่ในละแวก “บ้านล่าง” ชาวบ้านก็ร่วมกันสร้างศาลขึ้นเช่นกันเรียกว่า “ศาลพ่อคุณน้อย”

ด้วยอิทธิฤทธิ์ปาฏิหาริย์ของพ่อคุณโขนทำให้ชาวบ้านเลื่อมใสศรัทธามาก มีเรื่องเล่ามากมายของชาวบ้านต่อความศักดิ์สิทธิ์ของศาลพ่อคุณโขน เช่น บริเวณริมน้ำของศาลพ่อคุณโขนมีจระเข้ศักดิ์สิทธิ์ที่คอยช่วยชาวบ้าน หรือหากเรือลำใดไม่หยุดจอดสักการะที่ศาลพ่อคุณโขนเวลามีงานประจำปีเรือลำนั้นจะอับปางไม่สามารถไปต่อได้  ด้วยความศรัทธาและความศักดิ์สิทธิ์ชาวบ้านมักจะมาบนบานที่ศาลพ่อคุณโขนเพื่อขอพร ขอให้กิจการงานค้าขายรุ่งเรือง ขอให้ฝนไม่ตกตอนทำนาเกลือ ขอให้พ้นจากโรคภัย และเรื่องมงคลต่างๆ ในชีวิต และเมื่อสำเร็จมักจะมาไหว้และแก้บนด้วยคณะละครรำในงานประจำปี

งานแห่พ่อคุณโขนในอดีตนั้นจัดเพียงสองวัน แต่ปัจจุบันจัดสามวัน คือขึ้น 12,13,14 ค่ำ เดือนหกของทุกปี แต่อย่างไรก็ดีการเตรียมงานจริงๆ เริ่มตั้งแต่วันขึ้น 10 ค่ำ โดยจะเชิญเจ้าอาวาสจากวัดต่างๆ ในอดีตเจ้าคณะจังหวัดจะมาร่วมทำพิธีเจริญพุทธมนต์เย็น  ต่อมาวันขึ้น 11 ค่ำ ช่วงเช้าจัดทำบุญตักบาตรถวายภัตตาหารเช้าแด่พระภิกษุสงฆ์  ช่วงเย็นบริเวณโรงละครหน้าศาลจัดโหมโรง มีละครรำถวายมือ ซึ่งถือปฏิบัติกันมาตั้งแต่อดีตที่ทางศาลจะว่าละครรำจากเพชรบุรีให้มารำในงานประจำปี สมัยก่อนคณะละครรำมักต้องนั่งรถไฟมา เดินทางลำบากใช้เวลานาน เมื่อถึงศาลต้องรำถวายมือก่อน ยังไม่ต้องแต่งองค์ทรงเครื่อง เพื่อเป็นการสักการะพ่อคุณโขนก่อนงานจริง โดยละครรำแก้บนจะเล่นไปจนถึงขึ้น 14 ค่ำ และจะหยุดรำในวันพระคือขึ้น 15 ค่ำ จากนั้นพอแรม 1 ค่ำจะมารำต่อ

วันขึ้น 12 ค่ำ เป็นวันแห่พ่อคุณโขน  บริเวณหน้าศาลจะจัดเป็นโรงทานให้คนที่มาร่วมงานรับประทานอาหารเช้าและกลางวันฟรี เมื่อถึงเวลาแห่ประมาณ 9 โมงเช้าจะมีคนอัญเชิญพ่อคุณโขนลงมาจากศาลและเดินแห่ไปรอบหมู่บ้าน เส้นทางการแห่จะเริ่มจากศาลพ่อคุณโขน เดินไปถึงศาลพ่อคุณน้อยที่อยู่ริมน้ำเช่นกัน ห่างออกไปราว 700 เมตร จากนั้นจะอัญเชิญพ่อคุณน้อยลงมาจากศาลเพื่อเข้าร่วมขบวน เดินแห่กลับทางเดิมและวกขึ้นสะพานโยธาธิการข้ามคลองสุนัขหอนไปยังบริเวณหน้าวัดใหญ่บ้านบ่อ แล้วเดินข้ามสะพานกลับมายังศาลพ่อคุณโขน นำพ่อคุณโขนและพ่อคุณน้อยประดิษฐานที่บนศาลพ่อคุณโขน เมื่องานเสร็จแล้วจึงอัญเชิญพ่อคุณน้อยกลับไปยังศาลพ่อคุณน้อยดังเดิม ทั้งนี้ในราวเดือนสิงหาคมจะมีงานแห่ศาลพ่อคุณน้อยเช่นเดียวกันแต่อาจจะไม่ใหญ่เท่างานแห่ศาลพ่อคุณโขน ระหว่างการแห่จะมีขบวนสิงโตจากสมุทรสาครและคณะกระตั้วแทงเสือมาร่วมขบวน มีแตรวงบรรเลงตลอดทางเป็นที่ครึกครื้น  ตามรายทางบ้านต่างๆ จะนำน้ำดื่มและขนมมาเลี้ยงคนที่ร่วมขบวนแห่ ถือเป็นการทำบุญร่วมกัน

ตลอดวันตั้งแต่ขึ้น 12 ค่ำ ชาวบ้านจะเริ่มมาไหว้ ปิดทอง และแก้บนกันตั้งแต่เช้า โดยของไหว้มีเอกลักษณ์ไม่เหมือนใครประกอบด้วย ขนมกง ข้าวตอกหัวโขน ดอกไม้ธูปเทียน ผลไม้ หรือหัวหมู ตามแต่กำลัง ส่วนการแก้บนนิยมแก้ด้วยละครำ คณะละครรำบางปีเคยต้องรำแก้บนหลังจากจบงานถึงกว่าครึ่งเดือนเพราะมีคนมาแก้บนมาก โดยคณะละครที่มาร่วมงานเป็นประจำทุกปีคือคณะขันนาคทัศนศิลป์ จ.เพชรบุรี ซึ่งมาร่วมงานตั้งแต่รุ่นพ่อแม่จนปัจจุบันรุ่นลูกสืบทอดคณะก็ยังมารำในงานแห่พ่อคุณโขน