พิธีเปลี่ยนผ้าครองสรีระสังขาร ครูบาเจ้าชัยยะวงศาพัฒนา เป็นประเพณีสำคัญของชุมชนบริเวณโดยรอบวัดพระพุทธบาทห้วยต้ม อำเภอลี้ โดยคณะศิษยานุศิษย์ พระสงฆ์และชาวบ้าน จะอัญเชิญสรีระของหลวงปู่ครูบาเจ้าชัยยะวงศาพัฒนาที่ไม่เน่าเปื่อย ลงสู่ศาสนพิธีเพื่อทำการเปลี่ยนผ้าครูบาฯ โดยประเพณีนี้เริ่มปฏิบัติตั้งแต่ปี ๒๕๔๔ จนถึงปัจจุบัน จัดขึ้นระหว่างวันที่ ๑๕ – ๑๗ พฤษภาคมของทุกปี ณ วัดพระพุทธบาทห้วยต้ม อำเภอลี้ โดย มีการประกอบพิธีทางศาสนา ทั้งทำบุญตักบาตร การสวดมาติกา การสวดพระอภิธรรมถวายครูบาเจ้าชัยยะวงศาพัฒนา การแสดงพระธรรมเทศนา และมีการทำบุญตลอดทั้งวัน

     นอกจากนี้ ยังมีการแห่ผ้าไตรชุดใหม่ที่ไว้สำหรับเปลี่ยนผ้าครองสรีระครูบาเจ้าชัยยะวงศาพัฒนา และต้นไทยทาน แห่ไปรอบๆหมู่บ้าน และรอบองค์พระมหาธาตุเจดีย์ศรีเวียงชัย บรรยากาศภายในงานมีเสียงสาธุดังกึกก้องไปทั่วบริเวณ เมื่อถึงพิธีสำคัญ คือพิธีเปลี่ยนผ้าครองสรีระครูบา เจ้าชัยยะวงศาพัฒนา พุทธศาสนิกชนจำนวนมากได้มารอสักการะ สรีระที่ไม่เน่าเปื่อยของครูบาเจ้าฯ ที่บรรจุอยู่ในโล่งแก้ว โดยมีพระอ่อนแล้ว ชัยเสโน เจ้าอาวาสวัดพระพุทธบาทห้วยต้ม (องค์ปัจจุบัน) เป็นองค์ประธานในพิธี กระทำด้วยความนอบน้อม แสดงถึงความเคารพนับถือ ที่มีต่อครูบาเจ้าชัยยะวงศาพัฒนาครูบาชัยยะวงศาพัฒนา มรณภาพ เมื่อวันที่ ๑๗ พฤษภาคม ๒๕๖๖ เมื่อครบรอบการมรณภาพ จะมีการทำพิธีเปลี่ยนผ้าห่มสรีระ เพื่อให้ศิษยานุศิษย์ ได้แสดงออกซึ่งความเคารพและศรัทธาต่อหลวงปู่ครูบาเจ้าชัยยะวงศาพัฒนา  ซึ่งครูบาชัยยะวงศาพัฒนาเป็นบุคคลที่ชาวปกาเกอะญอ ให้ความเคารพ และศรัทธาเป็นอย่างมาก ในขณะที่ท่านยังมีชีวิต ได้สร้างศาสนวัตถุ ศาสนสถาน เช่น วัดพระพุทธบาทห้วยต้ม เจดีย์ศรีเวียงชัย เพื่อดึงและปลุกจิตศรัทธาให้เกิดในคณะศิษย์ยานุศิษย์มากมาย

     ทั้งนี้ หมู่บ้านทั้ง ๑๑ หมู่บ้าน ของชุมชนพระพุทธบาทห้วยต้ม ตำบลนาทราย ได้รับการยกย่องให้เป็นหมู่บ้านรักษาศีล ๕ ครบ ๑๐๐ เปอร์เซนต์ เป็นแห่งแรกของประเทศไทย ทางชุมชนพระพุทธบาทห้วยต้ม ประชากรส่วนใหญ่เป็นชาวปกาเกอะญอ (กะเหรี่ยง) ที่อพยพมาจากมาจาก จังหวัดตาก เชียงใหม่ และ แม่ฮ่องสอน โดยมาอยู่ที่แห่งนี้เมื่อกว่า 20 ปีที่ผ่านมา และติดตามมากับครูบาเจ้าชัยยะวงศาพัฒนา โดยครูบาเจ้าชัยยะวงศาพัฒนา ได้ชวนให้มาอยู่ที่ตำบลนาทราย อำเภอลี้ โดยได้มอบที่ดินทำกินให้ครอบครัวละ ๑ ไร่  มีข้อแม้ว่าจะต้องรักษาศีล ๕ ไม่กินเนื้อสัตว์ ไม่ดื่มสุรา และไม่เสพสิ่งเสพติดทุกชนิด